نمونه‌گیری ادرار در نوزادان در کیسه ادرار استریل صورت می‌گیرد. برای استفاده بهتر از کیسه ادرار، ابتدا ناحیه تناسلی نوزاد را با آب ولرم و صابون(مخصوص اطفال) شستشو دهید، طوری‌که هیچ روغن، پودر بچه و صابون‌های حاوی لوسیون روی پوست محل شسته شده باقی نماند. بهتر است خشک شدن محل شستشو در هوای آزاد صورت گیرد و از حوله، دستمال و مانند آن استفاده نشود.
در مورد نوزاد پسر شستن آلت تناسلی و اطراف آن کافی است ولی در مورد نوزادان دختر بهتر است ناحیه تناسلی و اطراف آن تا مقعد شستشو داده شود. کیسه را بسته به جنسیت نوزاد یا شیرخوار به گونه‌ای در محل قرار دهید که کل ناحیه تناسلی دختران یا کل آلت در پسران را بپوشاند و چسب اطراف در تمامی محیط دایره‌ای شکل آن به پوست بچسبد. کیسه ادرار حداکثر باید نیمساعت در محل بماند. بنابراین از قبل به نوزاد یا شیرخوار به اندازه کافی مایعات بدهید تا احتمال ادرار کردن بیشترشود (در صورت بیشتر شدن زمان، کیسه جدید استفاده نمایید).
به محض ادرار کردن نوزاد و یا شیرخوار کیسه را بردارید و به گونه‌ای سوراخ آن را تا کنید که ادرار از آن خارج نشود سپس بصورت عمودی در ظرفی که به شما داده شده است قرار دهید و حداکثر تا 2 ساعت به آزمایشگاه تحویل دهید.
اگر ازآنتی بیوتیک، پماد، کرم یا داروی خاصی استفاده می‌کنید قبل از نمونه‌گیری آزمایشگاه را مطلع سازید. جهت انجام کشت ادرار، حداقل یک هفته از مصرف آنتی‌بیوتیک گذشته باشد.
